中科院昆明植物所在国家科技部平台项目和国家自然科学基金项目的支持下，历时六年，分不同季节先后在云南药山国家级自然保护区对种子植物进行了多次较大规模的调查和采集。到目前为止，按Angiosperm Phylogeny Group II(APGII)系统进行排列，共得种子植物163科809属2366种(含种下单位)，其中包括了9个东亚科，2个中国特有科，27个中国特有属和1096个中国特有种(包括16个当地狭域特有种)。在药山发现的新分类群有药山马先蒿(Pedicularis yaoshanensis)、药山重楼(Paris stigmatosa)、悦人杜鹃兰(Cremastra appendiculata)、巧家杜鹃(Rhododendron qiaojiaense)和药山杜鹃(R. yaoshanense)。该工作不仅较大地丰富了昆明植物所标本馆对药山地区种子植物标本的收集和保存，而且深化了对该地区种子植物区系的组成、特征、起源和演化的认识。根据研究结果整理和总结的《云南药山种子植物名录》将在年内由云南科技出版社正式出版。

在2007年至2008年间，该调查、采集项目为国家重大科学工程“中国西南野生生物种质资源库”提交了采自药山的植物种子500余份，其中包括世界上独有的巧家五针白皮松 (Pinus squamata)，以及珙桐 (Davidia involucrate)、领春木 (Euptelea pleiospermum)和水青树(Tetracentron sinense)等极有保护价值的珍稀、濒危植物。此外，还重点对药山保护区的核心区和边缘区域内几种特有兰科物种进行了传粉生态学和保护生物学研究，比较了生境破碎化和人为干扰对欺骗性传粉兰花繁殖，以及生境破碎化对传粉网络的影响。结合保护区的进一步区划和建设，对物种保护提出较为合理的建议。

据悉，药山是乌蒙山脉向东北延伸的山体，位于金沙江流域的川、滇、黔交界的云南东北部巧家县境内，其在植物分布区类型划分中属于中国？喜马拉雅森林植物亚区和中国-日本森林植物亚区的结合带，处于华中地区和云南高原之间。因其地史的悠久，地貌的多样，富含古老的和过渡的植物区系成分，是联系中国种子植物特有属三大分布中心(川东-鄂西、滇黔桂和横断山)的关键地区之一。