从供应肉蛋到斗鸡娱乐，家鸡在人类生产生活中扮演着重要的角色。在驯化之后，家鸡随人类扩散到世界各地，成为饲养最为广泛的家禽。关于家鸡的驯化问题，自达尔文时代以来就一直广受学术界关注。一系列工作表明，家鸡的主要野生祖先是红原鸡。为探讨家鸡的驯化历史，中科院院士张亚平领导的研究组基于母系遗传的视角，对收集到的家鸡和红原鸡样本的线粒体DNA（mtDNA）控制区片段进行了分析。结果显示，家鸡mtDNA的不同支系可能起源于包括南亚、东南亚以及中国南部在内的广大区域，可能涉及多次驯化事件（Liu et al. 2006. Mol Phylogenet Evol）。

由于控制区突变速率较高，由此引发的频发突变（recurrent mutation）会干扰家鸡mtDNA系统发育关系的构建。同时，控制区片段相对有限的遗传信息不足以揭示家鸡驯化的更多历史细节。张亚平院士研究组随后关于家猪（Wu et al. 2007. Genome Biol）和家犬（Pang et al. 2009. Mol Biol Evol）的工作表明，基于线粒体全基因组的系统发育分析可以较好地解决控制区的不足。

源于类似的思路，该研究组继续与国内外的研究者展开合作。通过对东亚、东南亚以及南亚的家鸡和红原鸡样本控制区片段的初步分析，苗永旺和彭旻晟等研究人员选取50份代表样本进行了线粒体全基因组测定，构建了mtDNA系统发育树并对单倍型类群进行了界定。研究结果显示，家鸡和红原鸡共享单倍型类群A-G；相关家鸡和红原鸡的世系在系统发育树中也没有体现出明显的分离。这提示家鸡和红原鸡之间可能存在持续杂交，或是家鸡的驯化时间较短。基于系统发育树，研究人员对包括已发表数据在内的近5000条控制区序列进行了重新分析，从而揭示出分别发生在南亚和中国西南（及其邻近东南亚地区）的局部驯化事件。此外，对单倍型类群D的分析表明，在南岛语系人群移居太平洋岛屿的过程中所携带的家鸡主要是来自东南亚地区。