遗传连锁图谱是研究植物基因组结构、进化的有力工具，是基因定位、克隆和分子标记辅助育种的重要基础。但作为被子植物中起源最早的植物之一，且素有“活化石”之称的莲，其基因组学研究却明显滞后。因此，构建莲遗传连锁图谱有助于莲基因组学研究的快速发展，为莲重要经济性状的分离和克隆提供依据，从而有利于进一步探索和充分利用莲的观赏、食用和药用价值。
中科院武汉植物园水生植物资源学科组首先扫描了中国古代莲基因组序列，发现了86,089个SSR位点，其中73,246个SSR位点可用于开发SSR引物。然后以亚洲莲品种“中国古代莲”和美洲黄莲品种“AL1”杂交F1群体为材料，根据中国古代莲基因组序列信息开发的部分SSR分子标记（500对）分别构建了“中国古代莲”和“AL1”的遗传连锁图谱。由于“中国古代莲”的基因组杂合度比较低，此图谱仅包含7个连锁群，有47个标记，图谱长度为365.67 cM。“AL1”图谱包含11个连锁群，有177个分子标记，图谱长度为524.51 cM。这是首次报道莲的遗传连锁图谱，为莲基因组学研究奠定了良好基础，加快了莲重要基因定位、克隆和分子标记辅助育种的进程。