中科院上海药物所蒋华良研究员与大连理工大学力学系王希诚教授合作，针对寻找药物作用新靶标的需求，带领博士后李洪林和高振霆等，发展了以活性小分子为探针、搜寻潜在结合蛋白质的“反向分子对接”方法，相关结果发表在Nucl. Acids Res. (2006, 34, W219-224)，并建立了相应的公共网络服务器(http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock)。目前已有来自50多个国家480多个用户使用该服务器，反馈信息统计，用户已经用该方法发现的10多个候选靶标被实验证实。蒋华良与沈旭和岳建民等合作，用该方法发现了一个抗幽门螺旋杆菌天然产物的作用靶标－PDF蛋白，并测定了天然产物与PDF蛋白复合物的晶体结构，其结果发表在Protein Sci. (2006, 2071-2081)上。

最近他们又进一步发展了潜在药物靶标库(PDTD)，包含仅1000个重要靶标的信息和三维结构，为用反向对接方法寻找化合物的药物作用靶标提供了技术支撑。结果发表了BMC Bioinformatics (2008, 9:104)后，连续4个月被BioMed Central选为高阅读率文章(Highly accessed article)，发表仅4个月来的总阅读次数已达1953次。PDTD已经建立了网络服务器(http://www.dddc.ac.cn/pdtd/)，得到了广泛的应用，用户数也已经超过400。