选择性剪切（alternative splicing）是一个基因编码出不同转录本和蛋白质的重要途径，对满足生物体所需蛋白多样性具有重要意义。此前的研究显示，新基因通常在序列、基因结构和表达模式上与其祖先基因发生快速的分化。基因结构的改变可能伴随着选择性剪切的改变，但关于新基因选择性剪切的进化还未被研究过。

中国科学院昆明动物研究所中德马普进化基因组学青年科学家小组博士生占祖兵等在导师王文研究员的指导下，对之前该研究组从黑腹果蝇内鉴定出的新基因作了基因内选择性剪切的改变以及其改变的序列基础与功能后果的分析。结果显示，选择性剪切的新基因比祖先基因所占的比例要少，提示新基因起源后倾向于丢失选择性剪切。逆转座、部分基因复制和完整的基因复制都能导致选择性剪切的丢失，这说明选择性剪切的丢失是新基因起源和进化的机制之一。通过EST分析，进一步发现选择性剪切改变的新基因表达水平比祖先基因更低，表达组织更少，而且更倾向于在精巢内表达。

这些发现提示，选择性剪切改变后获得了与其祖先基因在结构、表达与功能上的分化。