2010年10月24日，由中国科学院上海生命科学研究院、北京基因组研究所、中国水稻研究所等单位合作的研究成果“水稻地方品种重要农艺性状相关基因的全基因组关联分析”在国际著名杂志《自然—遗传学》上以长篇论文形式（Article）发表。该研究报道了中国水稻地方品种的全基因组的遗传多态性和单倍体型图谱，并对籼稻品种的14个重要农艺性状进行全基因组关联分析，确定了这些农艺性状相关的候选基因位点，为水稻的遗传学研究和分子育种提供了重要的资源。

水稻是重要的粮食作物，也是植物基因组学研究的模式作物。中国是水稻种植大国，稻区辽阔，南至海南省，北至黑龙江省。同时，水稻种植在中国也有着悠久的栽培历史，长达几千年。如此广阔的时间和空间跨度，形成了大量的水稻地方品种。这些地方品种适应当地农艺与气候条件，形成了许多独特的农艺性状。阐明这些地方品种的重要农艺性状的遗传基础对于提高水稻产量、抗逆性，改良水稻品质和保障我国粮食安全是非常重要的。

水稻基因的克隆和功能研究，通常采用图位克隆的方法。但是对于多基因控制的重要农艺性状（数量性状）的研究，还没有非常有效的方法。该研究测定五百余份水稻地方品种的全基因组序列，并开发出一套新颖的生物信息学分析方法，从而构建出一张高密度的水稻单倍体型图谱。在这张图谱的基础上，对14个农艺性状进行全基因组关联分析研究，这些性状包括水稻株型、产量、籽粒品质和生理特征等不同的方面。通过遗传学分析，确定了这些农艺性状相关的候选基因位点。这些发现为水稻遗传学研究和水稻育种提供了重要的基础数据，并开辟了新的研究途径，是水稻遗传学研究的重要进展。《自然—遗传学》同期还配发了一篇专门的评论，高度评价了这一里程碑性的研究成果，称该研究预示着水稻重要农艺性状相关基因全基因组关联分析时代的到来。